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  • 自闭症全基因组水平lncRNA、可变剪切和区域基因表达模式的改变
  • 【发布时间:2017-02-27 16:40:00】  阅览:2342次  【关 闭】
  • 2016年12月9日,Nature 在线发表了美国加利福尼亚大学Daniel H. Geschwind团队完成的自闭症系谱障碍(ASD)研究,该团队通过RNA-seq测序发现ASD相关的lncRNA、可变剪切和差异表达基因等。

    ASD是一种高度异质性遗传性疾病,其主要特征是语言障碍、交流障碍以及重复或刻板行为,至今尚未发现该病遗传的共同通路。该团队利用RNA-seq方法测序了48例ASD患者和49正常对照的额叶皮层、颞叶皮层和小脑总共251例样本。

    首先他们通过比较RNA-seq数据和早期的微阵列芯片数据,证实了ASD皮层和正常对照之间的差异性表达基因(DGE),并且两种结果具有较强的一致性。接下来他们结合了具有特异性ASD样本来评估整个转录水平的变化。通过与正常对照的皮层比较,发现ASD皮层中有584个基因的表达上调,558个基因的表达下调(Benjamini-Hochberg FDR< 0.05)(Fig. 1b)。基因集的通路和细胞类型富集分析发现下调的基因主要存在神经元和神经通路,包括高度表达的PVALB和SYT2,上调的基因主要富集在小胶质细胞和星形胶质细胞。在小脑中没有发现差异表达的DGE(FDR<0.05),但是小脑中的复制信号与ASD患者皮层中的倍数变化是一致的。研究认为小脑中缺乏DGE是因为皮层的变化明显,说明皮层更容易发生转录组的改变。

    接下来他们探讨了lncRNA,大部分的lncRNA均没有功能注释,他们在DEG中鉴定了60个lncRNA,RNA-seq数据库和表观遗传学注释等多个证据支持这些lncRNA的功能。其中有20个lncRNAs与miRNA-蛋白质复合物结合,9个lncRNA与脆性